Alueidenvälisillä innovaatioinvestoinneilla (I3) pyritään edistämään innovointia älykkään erikoistumisen ja alueidenvälisen yhteistyön avulla. I3-välineellä tuetaan vahvempaa alueiden välistä yhteistyötä investoinneissa ja luodaan kestäviä yhteyksiä yhdistämällä alueellisia ekosysteemejä yhteisillä älykkään erikoistumisen aloilla, jotka ovat elintärkeitä tutkimustulosten markkinoille saattamisen nopeuttamiseksi ja innovoinnin edistämiseksi.